Dehşet verici bir savaşın halka verdiği zararın ardından, Dünya hükümetleri yaptıkları savaşın taktiğini değiştirip gölgelerde savaşmaya başlamışlardır. Beyaz saçlı güzel bir kız olan Lily, becerikli bir casus olunması için eğitim veren birçok kurumdan birinde öğrencidir. Yazılı sınavlarından iyi puan almasına rağmen, uygulama derslerinden kıl payı ile geçmeyi başarabiliyordur. Gerçek dünyada kullanabileceği yetenekleri olmadan mezun olma ihtimali oldukça iç karartıcıdır, ta ki önüne kaçıramayacağı bir fırsat olan "Tomoshibi" ekibinde imkansız bir göreve katılma şansı gelene kadar. Seçkinlerle çalışacağından dolayı heyecanlı olan Lily, coşkuyla bu teklifi kabul eder. Ancak, Kagerou Sarayı'na vardığında Tomoshibi'nin gerçek ve umutsuz durumunun farkına vardığında dumura uğrar. Diğer problemli kadın casuslarla birlikte onlara öncü eden bir genç adamın da katıldığı operasyonda Lily, bu işin hayal ettiği şey olmadığının farkına varır.